You can configure pull request merge options on your GitHub Enterprise Server instance to meet your workflow needs and preferences for managing Git history. For more information, see "Configuring pull request merges."
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On your GitHub Enterprise Server instance, navigate to the main page of the repository.
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Abaixo do nome do repositório, clique em Configurações.
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Under "Merge button", select Allow merge commits. This allows contributors to merge a pull request with a full history of commits.
If you select more than one merge method, collaborators can choose which type of merge commit to use when they merge a pull request. Se houver uma regra de branch protegido no seu repositório que exija um histórico de commit linear, você precisará permitir a mesclagem squash, a mesclagem com troca de base ou ambas. Para obter mais informações, confira "Sobre os branches protegidos".